گومز^[۴۵]و همکاران (۲۰۱۱) از نشانگر RAPD برای بررسی تنوع در سطح دی.ان.ا بین لگوم‌های غیرخوراکی ازجمله juliflora P. استفاده کردند و تعدادی آغازگر که برای نشان دادن تنوع ژنتیکی در درختان لگوم مؤثر بودند معرفی کردند. همچنین بیان داشتند روش CTAB در استخراج دی.ان.ا ژنومیک باکیفیت خوب، برتری دارد.

(( اینجا فقط تکه ای از متن درج شده است. برای خرید متن کامل فایل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. ))

المیر و المالکی^[۴۶] (۲۰۱۱) در مطالعه‌ی Prosopis cineraria و Prosopis juliflora با بهره گرفتن از تکنیک ISSR^[47] و RAPD تنوع درون و بین جمعیتی دو گونه‌ی مذکور جمع‌ آوری‌شده از کشور قطر را انگشت‌نگاری کردند. دندروگرام با بهره گرفتن از شباهت ژنتیکی دوازده ژنوتیپ موردبررسی را به دو کلاستر مجزا تقسیم کرد. کلاستر اول شامل نمونه‌های P. cineraria و کلاستر دوم شامل نمونه‌های P. juliflora بود. همچنین این مطالعه نشان داد بین جمعیت‌هایP. cineraria واریانس ژنتیکی ۲/۸۸ درصد و واریانس ژنتیکی درون جمعیتی ۸/۱۱درصد می‌باشد که این موضوع می‌تواند به دلیل سازگاری درختان در محیط جدید و انتخاب و حذف برخی آلل‌ها و محدود بودن جریان ژن و افزایش دفعات دگرگشنی درون جمعیتی باشد. همچنین آغازگرهای ISSR به‌مراتب اطلاعات فیلوژنتیکی بیشتری نسبت به روش RAPD تولید کردند.
الاصبحی و الهادی^[۴۸] (۲۰۱۰) اطلاعات EST موجود ازProsopis juliflora را برای محتوای SSR و پراکنش آن آنالیز کردند و سپس با اطلاعات سه لگوم در دسترس دیگر ازجملهGlycin Max , Medicago truncatula و Lotus japanicus مقایسه کردند که منتج به شناسایی تکرار‌های دی‌نوکلئوتید به‌عنوان کلاس مشترک تکرار‌ها بین و درون لگوم‌ها شد. نشانگر‌های SSR لگوم مدل trucatula .M را به‌عنوان نشانگر‌های بین‌گونه‌ای معرفی کردند که حاوی موتیف‌های تکرارAT/TA و AG/CTبودند که در بین بسیاری از جنس‌های لگوم مشترک است. به‌منظور تأیید حفاظت این نشانگر‌ها بین جنس‌های خانواده‌ی لگوم از PCR توسط جفت آغازگر SSR لگوم مدل استفاده کردند و انتقال‌پذیری این آغازگر‌ها را در juliflora P. بررسی کردند ولی از ۴۶ جفت آغازگر فقط ۳ نشانگر الگو‌های تکثیری نشان دادند.
موتورا (۲۰۰۶) با بهره گرفتن از روش غنی‌سازی ایجادشده توسط فیشر و باخمن^[۴۹] (۱۹۹۸) لوکوس‌های SSR از گونه‌های Prosopis chilensis را به‌منظور ایجاد نشانگرهای ریزماهواره جدا کرد. با این روش قطعات SSRها از کتابخانه‌های غنی از ریزماهواره با بهره گرفتن از پروب‌های ریزماهواره- الیگونوکلئوتید متصل به آهن‌ربا جداسازی و لنگرگاه‌های آن‌ها توالی‌یابی ‌شد. نشانگرهای SSR جدید محتوای اطلاعات چندشکلی بین ۱۴/۰ تا ۷۳/۰ درP. Chilensis و ۴۱/۰ تا ۸۵/۰ در P. flexuosa نشان‌دادند. تعداد آلل‌ها (Na ) در دو گونه‌ی مذکور به ترتیب از ۲ تا ۶ و از ۲ تا ۱۳ متغییر بود. هتروزیگوسیتی مورد انتظار (He) در chilensis . P ۱۴/۰ تا ۷۳/۰ و در P. flexuosa ۴۶/۰ تا ۸۶/۰ بود. آزمایش برای تکثیر بین‌گونه‌ای در ۷ گونه‌ی دیگر Prosopis یک پیوستگی بزرگ بین گونه‌ای نشان داد و تمام آغازگرها حداقل در ۵ گونه با تعداد آلل ۱ تا ۵ تکثیر داشتند، که تعداد آلل‌ها از ۱ تا ۵ متغییر بود. از نشانگرهای ایجاد‌شده به‌منظور مطالعه واریانس ژنتیکی، ساختار ژنتیکی و جنبه‌های سیستم تولید مثلی هیبرید بین chilensis. Pو P. flexuosa در آرژانتین بهره گرفته شد.
شری^[۵۰] و همکاران (۲۰۱۱) در مطالعه‌ای با عنوان مطالعه‌ی انتقال‌پذیری RAPD و ریزماهواره در گونه‌های انتخاب‌شده‌ی Prosopisدر بخش Algarobia با تأکید بر juliflora P.و P. pallida ثابت کردند که نشانگرهای RAPD به‌منظور روشن ساختن ماهیت گونه‌های Prosopis مورداستفاده در این تحقیق مفید هستند. تفکیکP. juliflora و P. pallida بر اساس مورفولوژی و پلوئیدی با اطلاعات RAPD به‌دست‌آمده در این تحقیق مشابه بود. این محققان ۶ ریزماهواره که از قبل برای P. chilensis و P. felxuosa تهیه ‌شده بودند به‌منظور انتقال‌پذیری در ۱۲ گونه Prosopis آزمودند. تمام ۶ جفت آغازگر ریزماهواره در بیشتر گونه‌های Algarobia ازجمله P. juliflora انتقال‌پذیر بود. البته ۴ جفت آغازگر از ۷ جفت، درصد انتقال‌پذیری بیش از ۸۰ درصد نشان دادند. درصد بالای انتقال‌پذیری این آغازگر‌ها بین گونه‌های Prosopis نشان‌دهنده‌ی سطح بالای شباهت توالی دی.ان.ا در قسمت لنگرگاهی ریزماهواره‌ها بود. در مطالعه‌ی کلاستر آغازگر‌های RAPD، گونه‌ی P. juliflora با شاخص شباهت ۴۲۵/۰ یک کلاستر را با گونه‌های آمریکای شمالی تشکیل داد و بیشتر به نظر می‌رسد P. julifloraبا گونه‌های آمریکای شمالی مرتبط است تا گونه‌های آمریکای جنوبی مانند P. pallidaو P. chilensis. بنابراین به نظر نمی‌رسید P. julifloraتتراپلوئید و P. pallida دیپلوئید ازنظر ژنتیکی مرتبط باشند.
گئورگی^[۵۱] (۲۰۱۱) در مطالعه‌ای از P. juliflora به‌عنوان یک مدل که به خشکی ،گرما و فلزات سنگین متحمل بود برای تعیین و جداسازی ژن‌های عملکردی دخیل در تحمل تنش‌های غیرزنده استفاده کرد. پس از ایجاد یک کتابخانه‌ی سی.دی.ان.ا^[۵۲] از برگ‌های گیاهچه‌‌ی P. juliflora که تحت تنش خشکی قرارگرفته بودند توالی یابی تصادفی تعدادی از کلون‌ها توسط آنالیز EST صورت گرفت که این امر منتج به شناسایی چند ژن گزارش نشده که در تحمل درختان به استرس‌های غیرزنده مؤثرند و نیز تعدادی ژن ناشناخته شد. آزمایش‌ها نشان دادند ژن GST از P. juliflora در شرایط تنش‌های خشکی، شوری و اکسیداتیو افزایش بیان یافت. این ژن به تنباکو انتقال داده شد و مطالعات نشان داد این ژن نقش محافظتی در تنش‌های غیرزنده‌ی مختلف دارد و سپس ژن مذکور به برنج هندی واریته ADT-43 انتقال داده شد که برنج‌های تراریخته تحت تنش بهتر از برنج‌های شاهد زنده ماندند.
لیو^[۵۳]و همکاران (۲۰۰۷) سطح تنوع نشانگر SSR در یونجه (Medicago sativa L.) کشت‌شده از منابع آمریکایی، استرالیایی و چینی را با بهره گرفتن از یک روش جدید آماری اتوتتراپلوئیدی برای محاسبه‌ی تعداد آلل‌ها، فراوانی‌ آلل و هتروزیگوسیتی تعیین کردند. آن‌ها از ۱۹ آغازگر SSR استفاده کردند تا ۷ لوکوس پلی‌مورفیک SSR در ۳۲۰ گیاه از ۸ جمعیت را غربال کنند و از برنامه آنالیز فیلوژنتیک و فاصله‌‌ی ژنتیکی (DSIPAN) برای محاسبه‌ی روابط بین و درون جمعیتی با بهره گرفتن از روش مرسوم حضور/عدم حضور (۱و۰) و روش جدید اتوتتراپلوئیدی استفاده کردند. روش اتوتتراپلوئیدی منتج به هتزوزیگوسیتی (۰۱/۰P<) و متوسط تعداد آلل موثر (۰۱/۰P<) بالاتر و همچنین فاصله‌ی ژنتیکی استاندارد پایین‌تر (۰۱/۰P<) در سطح معنی‌داری نسبت به روش دیپلوئیدی شد. نتایج نشان‌داد، روش جدید تتراپلوئیدی ابزاری مفید برای محاسبه‌ی واریانس ژنتیکی و روابط ژنتیکی در تمام گونه‌های اتوتتراپلوئید می‌باشد.
دکروک^[۵۴] و همکاران (۲۰۰۲) نشانگرهای EST-SSR را در زردآلو (Prunus armeniaca L) و انگور (Vitis vinifera L.) ایجاد کردند و کتابخانه‌های سی.دی.ان.ا برای برگ زردآلو و نیز ریشه‌ی انگور از روش غنی‌سازی^[۵۵] تکرارهای GA وCA تهیه کردند و انتقال‌پذیری نشانگرهای EST-SSRبدست‌آمده از زردآلو و انگور را در دیگر گونه‌های مرتبط و غیر مرتبط بررسی کردند. در کل آغازگرهای انگور در بیشتر نمونه‌های انگور تکثیر نشان داد، درحالی‌که آغازگرهای زردآلو فقط آلل‌های چندشکلی در گونه‌های نزدیک در Rosaceae را تکثیر کردند. در طبقه‌بندی این خانواده، تعداد ۱۰ لوکوس EST-SSR آزمایش شد. جفت آغازگرPacB22 ، بین گونه‌ها و بخش‌های Prunoideae و Maloideae تکثیر نشان داد. توالی‌یابی لوکوس‌های EST-SSR در دیگر گونه‌ها و جنس‌ها تأییدی بر سطوح بالای حفاظت در موتیف و مناطق لنگرگاهی^[۵۶] ریزماهواره‌ها در Vitaceae در مقایسه با Rosaceae می‌باشد.
فان^[۵۷] و همکاران (۲۰۱۳) از تعداد۱۲۰ آغازگر SSR از توالی به‌تازگی سرهم شده‌ی گلابی به‌منظور بررسی چندشکلی بودن هفت ژنوتیپ مختلف گلابی استفاده کردند. از این میان ۶۷ آغازگر (۸/۵۵درصد) تکثیرهای چندشکلی ایجاد کردند. این ۶۷ SSR مجموعاً ۲۷۷ آلل با متوسط ۱۳/۴ در هر لوکوس ایجاد کردند. توالی‌یابی تصادفی بعضی از محصولات تکثیر حاصل از آغازگر‌های NAUPy31a وNAUPy53a تأییدی بر حضور لوکوس‌های SSR بود. زمانی که این ۶۷ جفت آغازگر روی ۹۶ فرد از هشت گونه‌ی مختلف در خانواده‌ی Rosaceae امتحان شدند ۲/۶۱ درصد از ‌SSRهای امتحان شده به‌طور موفقیت‌آمیزی حداقل در یکی از جنس‌های Rosaceae باند تولید کردند. انتقال‌پذیری از گلابی به گونه‌های متفاوت از ۲/۵۸ درصد در سیب تا ۹/۱۱ درصد در آلبالو متغییر بود. نسبت انتقال‌پذیری نشان ‌داد که روابط درون Maloideae نزدیک‌تر از Prunoideae است. دو نشانگر SSR گلابیNAUpy43C و NAUpy55K توانستند بین ۲۰ ژنوتیپ سیب را معلوم کنند و با آنالیز کلاستر UPGMA آن‌ها را در سه گروه در سطح شباهت ۵۶/۰ گروه‌بندی کردند. سطح بالای چندشکلی و انتقال‌پذیری خوب SSRهای گلابی به گونه‌های Rosaceae در آینده می‌تواند برای غربالگری مولکولی، ایجاد نقشه و مطالعات ژنومی مقایسه‌ای بین گلابی و دیگر گونه‌های Rosaceae به کار گرفته شود.
بروندانی^[۵۸]و همکاران (۲۰۰۳) انتقال‌پذیری^[۵۹] نشانگرهای ریزماهواره و STS^[60] را در گونه‌های برنج (Oryza) بررسی کردند. این دانشمندان تکثیر بین‌گونه‌ای ۲۸ نمونه از ۱۶ گونه‌ی مختلف برنج را که ژنوم‌های AA ، BB، CC، BBCC و CCDD نشان می‌دادند با بهره گرفتن از ۵۹ نشانگر ریزماهواره (سری‌های OG، RM و OS) و ۱۵ نشانگر STS ارزیابی کردند. همه‌ی نشانگرهایی که حداقل در یکی از گونه‌های برنج تکثیر کرده بودند سطوح مختلف انتقال‌پذیری بین گونه‌ها نشان دادند. نشانگرهای ریزماهواره در ۳۷ درصد نمونه‌‌ها با متوسط ۵۸/۶ آلل در هر لوکوس و متوسط محتوی ژنتیکی چندشکلی^[۶۱] ۷۰ درصد تکثیر نشان دادند. این محققین چنین نتیجه‌گیری کردند که اگرچه نشانگرهای STS سطوح کمتری از تنوع ژنتیکی را نمایان می‌کنند اما انتقال‌پذیری‌ بالاتری داشتند، که نشان می‌دهد این نشانگر می‌تواند هنگام بررسی ژنتیکی گونه‌های برنج که ازنظر ژنتیکی باهم قرابت کمتری دارند مورداستفاده قرار گیرند. از میان نشانگرهای ریزماهواره در بررسی گونه‌های با ژنوم AA نشانگر OG با ۶/۵۴‌درصد و نشانگرRM با ۴۸ درصد بالاترین سطح لوکوس‌های چندشکلی را نشان دادند. همچنین آن‌ها اعلام داشتند نشانگر‌های مولکولی با چندشکلی و انتقال‌پذیری بالا در برنج می‌تواند برای بهره‌گیری از منابع ژنتیکی این گونه ، بررسی تنوع آللی در لوکوس‌های وابسته با صفات مهم زراعی و برای رصد آلل‌های واردشده از خویشاوندان وحشی به برنج اهلی‌ مفید واقع شوند.
کولئونگ^[۶۲] و همکاران (۲۰۰۳) در بررسی انتقال‌پذیری نشانگر‌های SSR بین گندم(Triticum aestivum L.) ، جو (Secale cereale L.) و تریتیکاله (X Triticosecale Wittmack) از ۱۴۸ نشانگر SSR گندم و ۲۸ نشانگر SSR جو به منظور تکثیر دی.ان.ا ژنومی استخراج شده از ۵ لاین گندم، جو و تریتیکاله استفاده کردند. انتقال‌پذیری نشانگر‌های SSR گندم به جو ۱۷درصد بود در‌حالی‌که ۲۵درصد از نشانگر‌های جو در گندم انتقال‌پذیر بودند. نشانگر‌های SSR گندم در تریتیکاله ۵۸درصد و نشانگر‌های جو در همین گیاه ۳۹درصد انتقال‌پذیری و نشانگر‌های گندم متوسط باند‌های چند‌شکلی ۶/۲ در گندم، ۷/۲ در جو و ۴/۲ در تریتیکاله را نشان‌دادند در‌حالی‌که در‌‌مورد نشانگر‌های جو متوسط باند‌های چند‌شکلی ۲/۰ در جو مشاهده شد و در گندم و تریتیکاله هیچ باند چند‌شکلی مشاهده نشد. آن‌ها اعلام کردند این نشانگر‌های انتقال‌پذیر می‌توانند برای مطالعات ژنتیکی و اصلاحی بیشتر در گونه‌های مذکور به‌کار گرفته شوند.
بالیان^[۶۳] و همکاران (۲۰۰۵) با بهره گرفتن از SSR‌های دی.ان.ا ژنومی تصادفی نقشه ژنتیکی ۶۶ لوکوسSSR جدید را از طریق ^[۶۴]IWMMN تهیه و نقشه‌ی بیش از ۳۰۰ لوکوسSSR برای کروموزوم‌های گندم نان به‌صورت فیزیکی تهیه‌کردند. سپس نقشه‌های فیزیکی را با نقشه‌های ژنتیکی موجود مقایسه کردند. شکل خطی لوکوس‌ها در نقشه‌های فیزیکی با نقشه‌های ژنتیکی به‌جز در اختلافات کوچک همبستگی بالایی داشت. این دانشمندان gSSR‌^[۶۵]ها و‌EST- SSRها را برای بررسی انتقال‌پذیری در گونه‌های زراعی و وحشی ترکیب Triticum-Aegilops که ۷ ژنوم مختلف و سه سطح پلوئیدی را نشان می‌دادند، آزمایش کردند و همان‌طور که انتظار می‌رفت EST- SSR ها سطح انتقال‌پذیری بیشتری نسبت به gSSR‌های تصادفی در ترکیب Triticum-Aegilops موردنظر نشان داد. البته سطح چندشکلی ناشی از SSRها نیز قابل‌ملاحظه بود. آن‌ها اثبات کردند EST-SSRها برای تفکیک جنس‌های مختلف، گونه‌های یک جنس خاص و ژنوم‌های مختلف قبیله‌ی^[۶۶] Triticeae مفید و کاربردی هستند.
فصل سوم
مواد و روش‎ها
فصل سوم: مواد و روش‎ها
۱-۳ سال و محل اجرای تحقیق
این پژوهش در سال ۹۳- ۱۳۹۲ در آزمایشگاه مرکزی دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین و آزمایشگاه بیوتکنولوژی مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان به انجام رسید.
۲-۳ روش‌ها
۱-۲-۳ تهیه‌ی نمونه‌ی گیاهی
در کل تعداد ۵۱ نمونه بررسی شدند، درختان به نظر مقاوم به سرمای کهور پاکستانی توسط کارشناسان مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان شناسایی و پلاک‌گذاری شد و سپس از برگ‌های جوان آنها نمونه‌گیری شد. پس از آن نمونه‌ها به فریزر ۸۰- درجه‌ی سانتی‌گراد به منظور استفاده‌ی بعدی انتقال داده شدند. تعداد ۹ نمونه گیاهی که مشخصات جغرافیایی^[۶۷](UTM) آن‌ها در جدول ۱ آمده است، نمونه‌های والدی بودند (شکل ۱-۳). تعداد ۴ نمونه به عنوان شاهد شامل یک نمونه از محوطه‌ی مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان و ۳ نمونه‌ی دیگر از محوطه‌ی دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین نیز گرفته شدند. تعداد ۳۸ نمونه‌ی دیگر فرزندان نمونه‌های والدی بودند.
جدول ۱-۳ مشخصات جغرافیایی والد‌ها