فراشناخت به عنوان یک عامل مهم در تکوین و تداوم اختلالات روانی گوناگون، به ویژه اختلال وسواسی – اجباری و افسردگی، در نظر گرفته می شود. پژوهشگران مدل های شناختی مختلفی را برای تبیین منشأ و علت شناسی علایم وسواسی – اجباری به وجود آورده اند و بر تفسیر یا ارزیابی افکار مزاحم و باورها ‌در مورد اهمیت این افکار تأکید کرده‌اند. سالکوفسکی^[۱۳۳] از اولین کسانی بود که پیشنهاد کرد افراد دارای باورهای ناکارآمد وسواسی، درگیر افکار سرزنش و مسئولیت ‌در مورد آسیب های اتفاق افتاده برای خود و دیگران هستند، علاوه بر این راچمن^[۱۳۴] نشان داد که برخی افراد وسواسی – اجباری(^[۱۳۵]OCD) از آمیختگی فکر – عمل رنج می‌برند که نشان دهنده این باور است که افکار می‌توانند وقایع را تحت تأثیر قرار دهند و با عمل برابرند. بر این اساس ابتدا ولز و ماتیوس و سپس ولز نقش فراشناخت در اختلالات روانی به ویژه OCD را دوبه فرمول بندی کردند. مدل فراشناختی OCD که با عنوان «کنش اجرایی خود نظم بخش ^[۱۳۶] S-REF شناخته می شود، بر این فرض استوار است که افکار وسواسی نتیجه تفسیر منفی باورهای فراشناختی ‌در مورد معنی و یا پیامد خطرناک یک فکر یا افکار ویژه است. بر این اساس سیستم فراشناختی برای تنظیم خود به وسیله معانی باورهای مربوط به خود، شکل گرفته است. تحریف در باورهای فراشناختی بر معانی و کارکرد شناخت تأثیر می‌گذارد.

‌بنابرین‏ نقص در کارکرد S-REF در تنظیم مؤثر، ممکن است منجر به افکار نشخواری و نگرانی فعال شود. ‌بر اساس این مدل پرسشنامه فراشناخت (MCQ) به وجود آمد. عامل های فراشناختی که توسط این پرسشنامه سنجیده می شود رابطه مثبتی با علائم وسواسی – اجباری و افسردگی دارند.

‌بر اساس مدل فراشناختی فرد مبتلا به اختلال وسواس در پاسخ به یک برانگیزاننده که معمولاً یک فکر، احساس یا میل ناخواسته است، پریشان و مضطرب می شود. وقوع افکار مزاحم، باورهای فراشناختی فرد درباره معنا و اهمیت این افکار را فعال می‌سازند. باورهای فراشناختی شامل دو حیطه محتوایی گسترده هستند. باورهای فراشناختی مثبت به فواید و سودمندی درگیر شدن در فعالیت های شناختی مربوط می شود. مانند: «متمرکز شدن بر تهدید مفید است: و «نگرانی درباره آینده به من کمک می‌کند تا از خطر اجتناب کنم». باورهای فراشناختی منفی باورهایی هستند که به کنترل ناپذیری، معنی، اهمیت و خطر افکار و تجربه شناختی مربوط می‌شوند. مانند: «اگر افکار خصمانه ای داشته باشم ممکن است بر خلاف میلم به آن ها عمل کنم». در مطالعه ای عنوان شده که بیماران OCD و GAD در دو مؤلفه از مقیاس MCQ به نام های «غیر قابل کنترل بودن نگرانی و خطر» و «باورهای منفی ‌در مورد افکار» به طور معنی داری با گروه بهنجار و اختلالات هیجانی دیگر تفاوت دارند. ‌بر اساس پژوهشی دیگر وقتی که هم پوشی بین نگرانی و علائم وسواسی – اجباری کنترل شود، شواهدی از ویژگی و تفاوت الگوی باورهای فراشناختی به عنوان پیش‌بینی کننده نگرانی در مقابل علائم وسواسی اجباری ظاهر می شود. همچنین عنوان شده که بین رفتارهای وسواسی با باورهای فراشناختی ارتباط وجود دارد.

همچنین برخی از پژوهش ها شواهدی از نقش باورهای فراشناختی در افسردگی یک قطبی را نشان داده‌اند، اگرچه تحقیقات در این زمینه نسبت به اختلالات OCD کمتر گزارش شده است. به عنوان مثال ارتباط باورهای فراشناختی مثبت ‌در مورد نشخوار فکری از جمله «من سعی می کنم برای مشکلاتم پاسخی پیدا کنم» و «من نیاز دارم این افکار را در ذهنم برای پیش گیری از اشتباهات آینده نشخوار کنم» با سطوح بالای نشخوار فکری و با نشانه شناسی افسردگی نشانه داده شده است.

در پژوهشی نشان داده شده که فقدان اعتماد به مهارت های شناختی با افسردگی ارتباط دارد. در این مطالعه تلاشی شده اثرات افسردگی روی مهارت های شناختی و فراشناختی تشخیص داده شود و نتایج پژوهش نشان داده که افسردگی شدید با نواقص عملکردی واقعی و همچنین با ناکارآمدی در دانش فراشناختی و بازبینی عملکرد ارتباط دارد.

یافته های پژوهش دیگری نیز نشان داده که فراشناخت ارتباط مثبت و معنی داری با هیجان منفی (افسردگی و اضطراب) دارد. در ارتباط با این یافته ها، راهبردهای درمانی متعددی توسعه یافته اند تا باورهای فراشناختی ناسازگار را تغییر دهند و تحقیقات نشان داده‌اند که این درمان ها در کاهش علائم مؤثر بوده اند.